Tutorial Protégé

Por: LSCA Roque Manuel Rueda Anastacio Estudiante de la maestría en sistemas computacionales del instituto tecnológico de orizaba

 

Basado en: El tutorial de Protégé

http://owl.cs.manchester.ac.uk/tutorials/protegeowltutorial/ 

So: Linux Mint maya Cinnamon

Hola para este tutorial vamos a realizar el tutorial de Protégé, Protégé es una aplicación que nos permite la construcción de Ontologías OWL.

Para la realización de este tutorial necesitamos tener instalado Protégé 4, el cual lo vamos a encontrar desde el sitio web de Protégé (http://protege.stanford.edu/) así como algunos de los Plugins del mismo los cuales se encuentran en el sitio CO-ODE (http://www.co-ode.org) también se recomienda pero no es necesario el uso del plugin OWLZiz ademas este Tutorial se estructura de la siguiente manera:

1. Instalando Protégé.
2. ¿Que son las ontologías?
3. Construcción de una Ontología

1.- Instalando Protégé.

Primero nos dirigimos al sitio web de Protégé como se muestra en la figura 1 y se selecciona el archivo a descargar.

Figura 1: Sitio web de Protégé

Entrar al apartado de descargas y seleccionar la opción dependiendo si se cuente con un registro o no se debe realizar el registro, posteriormente se selecciona la versión que se desea descargar la cual sera similar a la imagen de la figura 2.

Figura 2: Descargas del sitio de Protégé

 

En este caso se seleccionara la versión de Protégé 4.1 la cual vamos a descargar y se almacenara en el disco duro como se presenta en la figura 3.

Figura 3: Descargando a disco duro la versión de Protégé

Para el caso de el equipo en el que se realiza este tutorial se selecciona la versión Linux de 64bit pero se debe seleccionar de acuerdo al sistema operativo, el sitio selecciona por nosotros la mejor opción y unicamente permite seleccionar dependiendo de la arquitectura del sistema; la descarga se puede apreciar en la figura 4.

Figura 4: Descarga de archivo de instalación

Posterior a la descarga del archivo debemos navegar a la ruta donde se ha descargado para iniciar con la instalación y tendremos algo como la figura 5.

Figura 5: Navegando al archivo descargado

Abrimos una terminal y navegamos a la ruta (comando:¨cd¨) donde se ha descargado nuestro archivo en donde vamos a escribir de acuerdo con la documentación del sitio el comando ¨sh ./install_protege_4.1.bin¨ (sin comillas) para iniciar la instalación como se muestra en la figura 6.

Figura 6: Consola para la instalación de Protégé

 

Se nos abrirá una ventana como la de la figura 7 en donde iniciaremos con el instalador a seleccionar las opciones de nuestra instalación.

Figura 7: Iniciando las opciones de la instalación

Las opciones seleccionadas durante la instalación para este tutorial se presentan en las figuras 8-12.

 Figura 8: Carpeta de instalación

Figura 9: Carpeta donde se creara el link a la aplicación

Figura 10: Seleccionar Maquina Virtual de Java

 

Figura 11: Resumen de la instalación

Figura 12: Instalación completa

 

Una vez terminada la instalación podemos abrir la aplicación para iniciar con su uso. Para abrir la instalación debemos tomar en cuenta el lugar donde se ha instalado en este caso se instalo en la carpeta root. Sin embargo la carpeta solo se puede acceder siendo el usuario administrador.

Para ingresar a la carpeta abrimos un terminal y entrados al usuario administrador con el comando ¨sudo su¨ y nos solicitara la contraseña del usuario administrador la cual ingresaremos como se muestra en la figura 13.

Figura 13: Ingresando a la terminal como usuario administrador

Ahora debemos navegar a la carpeta root para esto usamos el comando ¨cd /¨ aquí estamos diciendo al comando que navegue a la carpeta ¨/¨ la cual es la raíz de nuestro árbol de carpetas en Linux esto se puede observar en la figura 14.

Figura 14: Navegando a la carpeta raíz

Ahora navegaremos a la carpeta root usando el mismo comando (cd) ahora utilizando root como parámetro del comando, si no sabemos el contenido de una carpeta podemos utilizar otro comando (ls) con el cual se muestran los archivos de carpeta actual un ejemplo de esto se ilustra en la figura 15.

Figura 15: Uso de comando ¨ls¨ y navegando a la carpeta root

Ahora debemos navegar a la carpeta Protege_4.1 para lo cual escribiremos el comando ¨cd Progege_4.1¨ sin comillas para navegar a la carpeta esto se presenta en la figura 16.

 Figura 16: Navegando a la carpeta Protege

 

Una vez hecho esto ejecutaremos el comando “ls”para ver los archivos de la carpeta en donde podemos apreciar los siguientes elementos: (ver figura 17)

• bin
• build.properties
• bundles
• config.xml
• jre
• lax.jar
• log4j.xml
• plugins
• Protege
• Protege_4.1_InstallLog.log
• Protege.ico
• Protege.lax
• run.sh
• UninstallProtege

Figura 17: Archivos de la carpeta Protege

Ahora unicamente debemos iniciar el archivo run.sh para esto ejecutamos el comando “sh ./run.sh” y obtendremos algo como la figura 18.

 Figura 18: Iniciando Protégé

Ahora se puede comenzar a utilizar Protégé para la creación de ontologías. Y así concluimos la primera parte del Tutorial.

Cabe destacar que es muy probable que Protégé nos solicite descargar actualizaciones una vez iniciado a lo cual debemos aceptar ya que en las actualizaciones se encuentra en razonador fact++ el cual no sera de utilidad en las siguientes secciones del tutorial.

Anexo

Creando un link para ejecutar Protégé. Para lo cual necesitamos navegar hasta nuestro archivo abrimos una terminal y navegamos a la carpeta raíz como ya se explico anteriormente ver figura 19.

Figura 19: Navegando a la carpeta raíz

Ahora navegaremos a la carpeta de Protege (Protege_4.1 para este caso) en donde se ejecuta el comando “ls” para mostrar los archivos de la carpeta y ahí encontraremos el archivo “run.sh” el cual vamos a editar agregando permisos de ejecución y ademas vamos a crear un link en el escritorio esto se aprecia en la figura 20.

Figura 20: Mostrando archivos de la carpeta Protege_4.1

Ahora vamos a ejecutar el comando “ch mod” el cual permite cambiar los permisos de un archivo en este caso el parámetro a utilizar es “+x” lo que significa que se le dan permisos de ejecución esto se presenta en la figura 21.

Figura 21: Modificando permisos del archivo run.sh

Ahora se procede a generar un lanzador para la aplicación en nuestro escritorio y poder invocarla de manera más sencilla. Para esto debemos ingresar el siguiente comando en nuestra terminal “gnome-desktop-item-edit /path/to/the/folder --create-new” donde <path/to/the/folder> se debe sustituir por nuestro escritorio para el caso de este tutorial se utiliza la ruta /home/roque/Escritorio pero se debe utilizar la ruta donde se desea generar el lanzador y asi obtenemos el comando a utilizar “gnome-desktop-item-edit /home/roque/Escritorio/ --create-new”. Esto nos abrirá una ventana para indicar las demás opciones del lanzador, esto se muestra en la figura 22 y 23.

Figura 22: Creando un lanzador para Protégé

Figura 23: Opciones del lanzador

Se debe recordar que se tienen que dar permisos al usuario para acceder a las carpetas, de no se así el lanzador no funcionara adecuadamente. Finalmente al dar doble clic sobre el lanzador se ejecutara Protégé ver figuras 24, y 25.

Figura 25: Ejecutando el lanzador

Figura 26: Protégé abierto desde el lanzador

 

Listo se ha terminado esta primera parte de este gran tutorial espero que sea de utilidad para quien este buscando el como instalarlo esperen pronto la segunra y tercera parte en cuanto las tenga actualizare este post para colocar las ligas a los mismos. Un saludo y suerte.

Roque Rueda

skaroque@gmail.com

Puedes encontrar este documento en:

https://docs.google.com/open?id=0B_SJGp2JLpZDTV9lOGhMVkh1ZEU